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Install biorbd and biobuddy in CI - #4

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ci/install-biobuddy
Oct 8, 2026
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ci/install-biobuddy

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@mickaelbegon

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Résumé

Le runner de CI n'a pas biobuddy : les trois tests build_biomod de tests/test_model_variants.py échouent avec ModuleNotFoundError: No module named 'biobuddy' (c'est le cas sur dev comme sur les PR #2 et #3).

Changements (.github/workflows/ci.yml uniquement)

  • Remplace setup-python par conda-incubator/setup-miniconda@v3 (miniforge, canal conda-forge, Python 3.11) : biobuddy importe biorbd, qui n'est pas installable depuis PyPI.
  • Installe biorbd=1.11.2 (version de environment.vitpose-ekf.yml) via conda.
  • Installe biobuddy épinglé au commit 85ec552 (celui de environment.vitpose-ekf.yml, API pelvis_height) avec --no-deps (biorbd vient de conda), plus plotly avec ses dépendances (importé par biobuddy).
  • Les étapes run passent par bash -el {0} pour que l'environnement conda soit actif.
  • Le cache pip de setup-python disparaît ; pas d'autre changement dans les étapes de lint et de test.

Vérification

  • Reproduit localement : conda (Python 3.11, biorbd=1.11.2), pip install -e .[test], pip install plotly, pip install --no-deps biobuddy@85ec552, puis pytest -q sur dev : 430 passed, 3 skipped, 0 failed, contre 3 échecs sans biobuddy.
  • Sans plotly et ses dépendances (narwhals), l'import de biobuddy échoue.
  • Le résultat de la CI de cette PR est la vérification finale pour le runner Linux.

Limites

  • Le job est plus lent (installation de conda et de biorbd).
  • Les étapes isort et black échouent toujours sur des fichiers antérieurs (batch_run.py, pipeline_gui.py, tests/test_calibration_qc.py, tests/test_preview_frame_2d_render.py) : non traité ici, la CI reste donc rouge tant que ces écarts de formatage existent.

🤖 Generated with Claude Code

mickaelbegon and others added 2 commits October 8, 2026 15:40
The runner had no biobuddy, so the three build_biomod tests in
tests/test_model_variants.py failed with ModuleNotFoundError.

- set up conda (miniforge, conda-forge) with Python 3.11 and biorbd 1.11.2
- install biobuddy pinned at 85ec552 without dependencies, plus plotly
- run steps through a login bash so the conda env is active

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>
Sort the imports in batch_run.py, pipeline_gui.py, tests/test_calibration_qc.py
and tests/test_preview_frame_2d_render.py (isort 9.0.2, profile black) and wrap
one over-long import in tests/test_preview_frame_2d_render.py (black).
Formatting only, no behavior change.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>
@mickaelbegon
mickaelbegon merged commit 8e7bf25 into dev Oct 8, 2026
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